Sopraano Helena Juntusen ura Suomessa käynnistyi hänen voitettuaan useita kilpailuja, joista tärkeimpinä mainittakoon Lappeenrannan laulukilpailun sekä Timo Mustakallio -kilpailuiden voitot. Vuonna 2006 hänelle myönnettiin Karita Mattila -palkinto, ja seuraavana vuonna hän edusti Suomea BBC Cardiff Singer of the World -kilpailussa.

Margueriten roolia Gounodin Faustissa Savonlinnan Oopperajuhlilla vuonna 2002 voidaan pitää Helenan ammatillisena läpimurtona. Hän debytoi Connecticut Operassa Yhdysvalloissa samassa roolissa kaudella 2003-2004. Vuonna 2003 hän myös piti debyyttikonserttinsa New Yorkin Carnegie Hallissa ja sitten Tokiossa.

Helena Juntunen on esiintynyt useimpien suomalaisten orkestereiden ja mm. Berliinin filharmonikkojen, Belgian kansallisorkesterin, London Philharmonic Orchestran, Kölner Philharmonien, Tokyo Symphony Orchestran ja Minnesotan orkesterin solistina mm. Esa-Pekka Salosen, Jukka-Pekka Sarasteen, Leif Segerstamin, Osmo Vänskän, Vladimir Ashkenazyn ja Mikko Franckin johdolla. Helena Juntunen on myös esiintynyt säännöllisesti Suomen Kansallisoopperassa vuodesta 1999 lähtien.

Hänen levytyksensä Ondine-levymerkille ovat sisältäneet albumin Leevi Madetojan liedeistä yhdessä pianisti Gustav Djupsjöbackan kanssa sekä Einojuhani Rautavaaran oopperat Aleksis Kivi ja Auringon talo.

Helena Juntunen aloitti lauluopinnot 15-vuotiaana Oulun konservatoriossa Airi Tokolan opiskelijana. Hän on valmistunut musiikin maisteriksi Sibelius-Akatemiasta, jossa häntä opetti Anita Välkki.